Tm-shiftタイピング法に基づく一塩基多型マーカー設計の標準工程

タイトル Tm-shiftタイピング法に基づく一塩基多型マーカー設計の標準工程
担当機関 (独)農業・食品産業技術総合研究機構 野菜茶業研究所
研究課題名
研究期間 2007~2008
研究担当者 福岡浩之
宮武宏治
根来里美
布目司
大山暁男
山口博隆
発行年度 2008
要約 一塩基多型(SNPs)の安価かつ省力的なマーカー化手法の1つであるTm-shift タイピング法において、反応条件の検討手順の最適化と専用のプライマー設計プログラムの開発によって確立した標準工程に従うと、80%を越えるマーカー化成功率が得られる。
キーワード 一塩基多型、SNPs、DNAマーカー、タイピング、Tm-shift、標準工程
背景・ねらい ゲノム全体に高い多型頻度が期待できる一塩基多型(SNPs)の利用は、DNA多型頻度の低い野菜の品種や育種母本を用いたDNAマーカー開発のために重要である。SNPsのマーカー化技術は数多く報告されているが、なかでも安価かつ省力的な手法として期待されるTm-shift タイピング法の反応条件を検討し、それぞれの条件におけるマーカー化成功率に基づいて検討コストの最小化を図るとともに、最適なプライマーの自動設計プログラムを開発し、SNPsマーカー開発の標準工程を確立する。
成果の内容・特徴
  1. Tm-shiftタイピング法はSNPsをタイピングする一手法である。それぞれのアリル特異的プライマーに異なる長さの配列を付加して増幅産物の融解温度(Tm)の差異を拡大し、リアルタイムPCR装置を用いて遺伝子型を判定する (図1A)。原報(Wang 図3に示す標準工程に準拠して開発を行うことにより、試行錯誤をせず効率的なSNPsマーカーの作出が可能である。
成果の活用面・留意点
  1. 本工程に従い、トマトおよびその近縁野生種et al. (TAG. 108:1212-1220.)を参照のこと。
  2. 詳細なマニュアルおよびプライマー設計プログラム「tms_primer_designer」は上記の代表連絡先から入手できる。ホームページからの公開も近く行う予定である。
カテゴリ 育種 コスト DNAマーカー トマト 品種

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