GO用語検索支援システムの開発

タイトル GO用語検索支援システムの開発
担当機関 (独)農業生物資源研究所
研究課題名
研究期間 2001~2005
研究担当者 沼寿隆
竹谷勝
馬場浩太郎
発行年度 2002
要約 GO(Gene Ontology)を対象とした用語検索支援システムを開発した。本システムは用語の検索動向等からユーザの利用目的を推定し、興味があると思われる用語を強調して表示することによって効率的な検索の手助けをする。
キーワード オントロジー、ユーザモデル、検索、ベイズ定理、データベース
背景・ねらい オントロジーとは対象となる領域における概念と概念間に成り立つ関係を定義したものである。GO(Gene Ontology)は遺伝子の機能や生成場所を対象としたオントロジーであり、様々な生物種でGOと対応付けされたアノテーションが行われている。しかし、GO用語は様々な分野の研究者が使用している概念を定義し共通化したものであるため専門や興味の対象が異なる研究者すべてが効率的に検索できるとは限らない。そこで、研究者の利用目的に合わせて検索フォームを変化させるGO用語検索支援システムの開発を行う。
成果の内容・特徴
  1. 研究者が選択したGO用語の履歴から利用目的を推定するユーザモデルを設計した。
  2. ユーザモデルを用いたGO用語検索支援システムのプロトタイプを作成した(図1)。GOでは用語を階層構造により体系化しているので、本システムでも検索フォーム間のリンクにより階層的な検索ができる。
  3. 検索開始前の研究者の興味度(または専門性)を生物分類(単子葉、双子葉、及び哺乳動物)ごとに入力するためのフォームを作成した(図2)。これを初期値とすることにより研究者ごとの基準で利用目的を推定できる。
  4. 図3に検索フォームの例を示す。研究者が検索フォームからGO用語を選択する都度、その時点での興味度と予め算定したGO用語使用率から、ベイズ定理により新たな興味度が再計算される。検索フォームでは各時点で最も興味度の高い分類に関係するGO用語が「*」により強調表示される。利用目的は興味度の変遷に反映されるので検索動向から推定できた。
  5. GO用語の強調表示により研究者が興味をもっている用語を効率的に検索できるようになった。
成果の活用面・留意点
  1. 検索開始前の研究者の興味度を自動的に算定するため、インターネット上の文献情報から研究履歴を収集し解析する手法を開発する。
  2. イネに関する統合オントロジーを開発し、本システムを実装する。
URL http://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3010016784
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