カンキツ果実由来の EST データベースの作成

タイトル カンキツ果実由来の EST データベースの作成
担当機関 (独)農業技術研究機構 果樹研究所
研究課題名
研究期間 2000~2004
研究担当者 遠藤朋子
大村三男
島田武彦
藤井浩
発行年度 2002
要約 EST (遺伝子の部分的塩基配列)の解析により遺伝子の発現情報が分るため、カンキツ果実由来の EST を大量に解析し、塩基配列や塩基配列から推定された遺伝子機能等の情報をデータベース化した。本データベースはカンキツ遺伝子研究の基盤的情報となる。
キーワード カンキツ、遺伝子、EST、データベース
背景・ねらい カンキツ果実の特性に関わる遺伝子を明らかにするために、さまざまな発育時期のカンキツ果実のさまざまな部位から、発現している遺伝子を cDNA ( mRNA を逆転写した相補的な DNA )の形で網羅的に集めて、それらの部分的な塩基配列(EST)を読み取り、その情報から EST が由来する遺伝子の機能を推定している。これまでに解析した cDNA は 6,000 を越え、カンキツ果実に由来する大量の遺伝子データを得ている。これらの情報を広くカンキツの遺伝子研究に利用していくために、EST に関する配列情報や注釈情報、保存情報等のデータを一元的に管理し、簡単に検索・閲覧することのできるデータベースシステムを開発することにした。遺伝子研究の分野では、ゲノム情報の利用が必須となってきており、カンキツ EST データベースは、果樹の遺伝子研究における基盤的な情報となる。
成果の内容・特徴 1.
データベースの構成を図1に示した。データベースは、EST注釈情報と全体の操作を行うインターフェースを設定したメインデータベース ZEUS と、2つのサブデータベース CHAOS 及び GAIA から構成されている。CHAOS には EST 解析で得られた EST配列情報を、GAIA には EST が由来する cDNA クローンの管理・保存情報が収録されている。また、データベースを利用して作成した DNA マーカーに関する情報が POSEIDON で管理されており、ZEUS とリンクされ、相互に参照可能である。
2.
データベースは市販のデータベースソフトウエア FileMakerPro5.5(ファイルメーカー社)で作成され、パーソナルコンピュータ(Winsows及びMacOS)上で動く。
3.
データベースには、果樹研究所カンキツ研究部遺伝解析研究室で解析したすべての EST に関する情報が収録されている(表1)。
4.
「カンキツ EST データベース」に登録されている EST に関する各種の情報、例えば、推定された遺伝子名や機能分類のためのキーワード、注釈情報に対して、文字列検索が可能である。
成果の活用面・留意点 1.
本データベースを用いて、推定された遺伝子名や機能分類のためのキーワード検索を行うことによって、簡単に目的の EST 情報を閲覧することができる。
2.
本データベースから派生させたESTの塩基配列のデータベースと塩基配列の相同性を検索するソフトウエア(BLAST)を用いることによって、塩基配列あるいはアミノ酸配列による検索を行い、目的の EST 情報を閲覧することができる。
3.
EST 解析を行った cDNA クローンはすべて保存されているため、目的の EST がデータベースから検索された場合には、ただちにその EST が由来する cDNA クローンを遺伝子解析の実験に利用することができる。
URL http://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3010003218
カテゴリ DNAマーカー データベース その他のかんきつ

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